La prima attestazione storica della Chiesa “Santa Maria del Monte” si trova nel Codice Vaticano Latino 8222, parte I, fogli 2/4, dove si fa riferimento alla Diocesi di Boiano. Il documento riporta l’elenco delle principali Chiese campobassane esistenti in data 20 agosto 1241.
La Chiesa dei “Monti” era denominata “Ecclesia Sanctae Mariae”. Il contesto del documento riferisce che Federico II diede ordine a tal Andrea di Cicala, capitano e maestro giustiziere, di requisire i beni appartenenti alle Chiese di alcune Diocesi, tra cui quella di Boiano. La “Ecclesia Sanctae Mariae” fu privata di una minutam unam de zendato oricellato, pro tarenis duobus, cioè un piccolo drappo di seta violacea del valore di due tari – è oricello, una sostanza usata un tempo per tingere lana e seta di viola – (Cfr. E. Jamison, L’amministrazione della contea del Molise nel XII e XIII sec., «Samnium» 1991, p.118, nota 23).
Il 19 settembre 1903, mons. Felice Gianfelice, Vescovo diocesano, per scarsità di clero e per desiderio del popolo, aveva chiesto per iscritto al Padre Generale il ritorno dei Cappuccini in Campobasso. Per mancanza di locali adatti all’abitazione dei Religiosi, non fu possibile accontentarlo.
Il 15 dicembre 1904, contemporaneamente, l’arciprete don Carlo Pistilli e mons. Gianfelice scrissero al Provinciale, Padre Pio da Benevento, proponendogli a custodia e l’officiatura della chiesetta posta fuori dell’abitato, in cima al monte sovrastante la città, che era stata in precedenza cappella funeraria dei Monforte e poi Chiesa arcipretale dal titolo “Santa Maria Maggiore” e Santuario dedicato alla “Madonna del Monte”, incoronata solennemente con decreto Vaticano, il 5 giugno di quello stesso anno 1904. Il Vescovo proponeva pure sette condizioni, alle quali subordinava l’affidamento del Santuario.
Il 3 febbraio 1905, il Provinciale accettò sia la cura della chiesetta, sia le sette condizioni, alle quali, però, furono apportati alcuni ritocchi notificati al Vescovo e da questi accolti. Il ricorso di un canonico locale alla S. Congregazione dei Vescovi e Regolari bloccò l’auspicato ritorno dei Cappuccini in Campobasso. Il 15 febbraio 1905, mons. Gianfelice, con un lungo esposto al Cardinale Prefetto della suddetta Congregazione, difese e motivò la sua decisione. Il ricorso venne archiviato, ed il 25 maggio dello stesso anno, tre Cappuccini, tra cui lo stesso Provinciale, Padre Pio da Benevento, presero possesso del Santuario. Dopo la presa di possesso, pensarono di restaurare e di abbellire la chiesetta, affidandone la decorazione ad Abele Valerio. Il 30 maggio 1911, ci fu la solenne inaugurazione; il giorno dopo, seguì la solennissima processione di fine maggio, che annualmente si ripete.
Un Rescritto pontificio del 18 maggio 1921 ratificò ed approvò la cessione perpetua del 1905 del Santuario del Monte ai Cappuccini, con la clausola a beneplacito della Sede Apostolica, in maniera che né l’Ordinario diocesano può riprenderne il possesso, né i Cappuccini possono lasciarlo senza il beneplacito della Santa Sede. Un altro Rescritto della S. Congregazione dei Religiosi, del 26 luglio 1921, concesse alla religiosa Provincia la facoltà di assumere in perpetuo l’impegno di officiare la suddetta Chiesa.
Quando nell’ottobre 1931 si aprì il Convento “Sacro Cuore di Gesù”, per una disposizione della Congregazione Capitolare (dell’agosto precedente), la piccola fraternità del Santuario divenne Ospizio dipendente dal Superiore del suddetto convento; tale restò fino al 1954, quando venne dichiarata indipendente.
Attualmente il Santuario è nuovamente accorpato al Convento “Sacro Cuore di Gesù” collocato in città.
La fraternità cappuccina quotidianamente si impegna nel servizio pastorale per il bene dei tanti devoti che si recano al Santuario.